پس از آنکه شواهد و منابع گوناگون نشان داد که محتمل‌ترین گزینه برای ذوالقرنین در قرآن، کوروش بزرگ است، بسیاری از علمای اسلامی از جمله علامه طباطبایی این نظر را قابل قبول تر دانستند (طباطبایی، ۱۳۶۳: ج ١۳، ص ۶۶۵). در تفاسیر گوناگون از این نظر یاد می‌شد به طوری که علمای فراوانی این نظر را منطقی تر از نظرات دیگر دانستند.
با توجه به شأن نزول آیات سوره کهف که مرتبط با سوالاتی از جانب یهودیان بوده است و از طرفی در منابع یهودی و در کتب عهد عتیق از لوقرانائیم یاد می‌شود که در رویای دانیال به صورت قوچ دو شاخ ظاهر می‌شود (عرفان منش، ١۳۸۹: ص ١۹) موضوع کوروش و ذوالقرنین جدی می‌شود. جالب آنکه نقش برجسته‌ای از کوروش با دو شاخ قوچ به دست آمده است (برای دانش بیشتر و رفع ابهامات نگاه کنید به: نقش برجسته مرد بالدار، نقشی مرتبط با کوروش بزرگ).
علاوه بر اینها شباهت ترتیب فتوحات کوروش به ذوالقرنین بسیار قابل توجه است.
از آن مهم‌تر موضوع سد ذوالقرنین می‌باشد. به طوری که گزنفون مورخ یونانی از ساختن دژهایی برای جلوگیری از یورش اقوام وحشی به ارمنستان با کمک کوروش بزرگ در مناطق قفقاز سخن می‌گوید (گزنفون، دفتر ۳، بخش ۲)، جالب آنکه «ابن‌خرداذبه» از «سلام ترجمان» نقل می‌کند که سدی با مشخصات سد ذوالقرنین در قرآن کریم در همان مناطق مورد اشاره گزنفون دیده است و آن سد در نوشته‌های ابن خرداذبه صراحتا به عنوان سد ذوالقرنین مطرح شده است (ابن خرداذبه، ١۸۸۹: صص ١۵۲-١۵۷). هنوز هم بازمانده‌هایی از آن سد در آن مناطق دیده می‌شود.
این در حالی است که کوروش در نزد دیگر یکتاپرستان نظیر یهودیان و مسیحیان شخصیتی قابل احترام محسوب می‌شود.
همانطور که مشاهده می‌کنید شواهد آنقدر زیاد است که نمی‌توان شباهت کوروش بزرگ و ذوالقرنین را نادیده گرفت. از لوقرانائیم و ذوالقرنین گرفته تا نقش برجسته پاسارگاد و سد کوروش در قفقاز و ترتیب فتوحات و…
درباره اقدامات کوروش بزرگ باید به شرایط زمانی و مکانی و تاثیرات جهانی این اقدامات دقت داشته باشیم. کشور گشایان پیش از هخامنشیان یعنی بسیاری از سلاطین بابلی، ایلامی، آشوری و … یکی از افتخاراتشان این بود که معابد کشورهای مغلوب را ویران کنند و تندیس‌ها را ضمن سایر غنایم به اسارت برند. این بی حرمتی‌ها به ادیان ملل باعث شد تا قرن‌ها جنگ‌هایی بر سر باز پس گیری تندیس‌ها صورت گیرد و هزاران انسان در این جنگ‌های خونین کشته شوند. اما کوروش با خردمندی و با انجام اقدامات پدافندی مرزها را امن ساخت. از طرفی با رفتار مناسب با مغلوبین به جنگ‌ها پایان داد و در منطقه صلح حکم فرما شد (نگاه کنید به: نتایج مثبت تسامح مذهبی کوروش و هخامنشیان).
در این میان نقدهایی توسط برخی از پژوهشگران به فرضیه کوروش و ذوالقرنین مطرح شده است که قابل تامل هستند. قطعا در تاریخ‌پژوهی هنگامی که روایات و آثار باستانی کامل نباشند، نمی‌توان با قاطعیت سخن گفت. ممکن است در آینده آثاری پیدا شوند که فرضیه کوروش و ذوالقرنین را قوی‌تر کنند و از سوی دیگر ممکن است آثاری پیدا شوند که این فرضیه را رد کند! ولی فعلا با اسناد و مدارک کنونی که کم هم نیستند باید گفت نقدها هنوز نتوانسته اصل فرضیه را زیر سوال ببرد.
نقدها تا جایی که دغدغه تاریخ پژوهانه داشته باشند قابل احترام هستند ولی باید پذیرفت که چند سالی است که علت اصلی مخالفت با فرضیه یکسانی کوروش بزرگ و ذوالقرنین، موارد تاریخی نیست. بلکه یک هیاهوی عقیدتی درباره این موضوع شکل گرفته است!
متأسفانه کوروش‌ستیزان و ایران‌ستیزان، اسلام‌ستیزان و… بدون رویکرد علمی وارد این موضوع شدند و به تخریب نظریه کوروش و ذوالقرنین پرداختند.
این روزها برخی به صورت سازماندهی شده و با ظاهری مذهبی به دنبال کمرنگ کردن موضوع کوروش و ذوالقرنین هستند. علت اصلی مخالفت آنها احترام کوروش بزرگ به ادیان گوناگون است. در تفکرات آنها احترام به ادیان دیگر ارزشی ندارد و اگر این احترام از حدی بیشتر شود کاری غیر دینی محسوب می‌شود! برای همین هرگز نمی‌پذیرند که یک شخصیت الهی که نام او در قرآن آمده است، به معابد دیگر ادیان رسیدگی کرده باشد و این موضوع را شرک و کفر می‌دانند.
در میان این طیف از افراد میانه رو تا افراطی دیده می‌شوند که گروه‌های افراطی آنها بیشتر شبیه به گروه‌های فشار هستند. متاسفانه دیده شده است که با دروغ پردازی و تحریف متون تاریخی به دنبال تاثیر گذاری هستند.
کوروش‌ستیزان حتی موضوع یکتاپرستی کوروش بزرگ را پیش کشیده‌اند. پیش از این در یک نوشتار مفصل به بررسی یکتا پرستی کوروش پرداختیم و با توجه به اسناد و مدارک گوناگون بیان شد که کوروش یکتا پرست بوده و احتمالا پرستنده اهورامزدا بوده است (برای دانش بیشتر و رفع ابهامات حتما نگاه کنید به: دین کوروش بزرگ).
از سوی دیگر هستند افرادی با گرایش‌های اسلام‌ستیزانه که نمی‌پذیرند نام یکی از بزرگان تاریخ ایران باستان در قران آمده باشد. آنها اسلام و تاریخ ایران باستان را همراستا با یکدیگر نمی‌دانند. در این طیف هم افراد میانه‌رو و افراطی دیده می‌شود و افراطی‌های این طیف معمولا معیار اسلام را رفتار گروه‌هایی مانند داعش در نظر می‌گیرند.
قطعا ما نمی‌توانیم تفکرات و اعتقادات این افراد را به سادگی تغییر دهیم و شاید هیچ گاه نتوانیم بدون تحمیل باورهای گوناگون دینی، متون دینی را صرفا از نظر تاریخ‌پژوهی بررسی کنیم. ولی شاید تاریخ‌پژوهی گاهی باعث تغییر رویکردها شود و با درک تفاوت‌های شرایط فرهنگی امروز با دوران باستان و دوران صدر اسلام، بعضی از این موارد قابل حل و فصل باشند. قرار نیست همه انسان‌ها در همه شرایط زمانی و مکانی و فرهنگی، رفتارهای مشابه انجام دهند!
به هر حال نباید از پژوهش دست برداریم و از آنجایی که اعتقادات ما خلاف فرضیه یکسانی کوروش بزرگ و ذوالقرنین است، همه پژوهش‌ها را به سادگی نادیده بگیریم. پژوهش در این باره باید ادامه پیدا کند به ویژه پژوهش‌های باستان‌شناسی می‌توانند بسیار راهگشا باشند.
