فرضیه های گوناگونی درباره جای قرار گرفتن پیکر کوروش بزرگ در آرامگاهش وجود دارد. با این حال با توجه به منابع باستانی و شواهد گوناگون به نظر می رسد پیکر در اتاق بالای بنای آرامگاه و در تابوت قرار داشته است.
با توجه به این موضوع در میابیم که نحوه قرار گیری پیکر کوروش بزرگ در آرامگاهش یادآور سنت‌های زرتشتی است و پیکر با خاک فاصله داشته است.
درباره تشریفات مردگان در آداب و رسوم ایرانیان دوره هخامنشی با سنت‌های متفاوتی در منابع برخورد می‌کنیم. در تاریخ هرودوت صرفاً درباره تشریفات مغ‌ها با اطمینان می‌گوید که کالبد مرده توسط پرندگان یا سگ‌ها دریده می‌شدند (تاریخ هرودوت، کتاب ۱، بند ۱۴۰) اما هرودوت مغ‌ها را فقط یکی از قبایل مادی می‌داند (همان: کتاب ۱، بند ۱۰۱). از طرفی می‌دانیم که پادشاهان هخامنشی مانند داریوش بزرگ و… در دل کوه‌های سنگی دفن شده اند و احتمالا تشریفات پارس‌ها و مادها تفاوت‌هایی داشته است.
به هر حال درباره محل قرار گیری پیکر کوروش بزرگ در آرامگاهش چند دیدگاه گفته شده است. کوروش ممکن است یا با توجه به سنت پارس‌ها در آرامگاهش قرار گرفته باشد و یا با توجه به سنت مغان که بخشی از مادها بودند؛ می‌دانیم که پدر کوروش پارسی و مادرش مادی بوده است.
در اینجا به چند مورد اشاره می‌کنیم و به بررسی اجمالی آنها می‌پردازیم. البته این یک نوشتار دانشورانه و مفصل نیست که همه شواهد تاریخی و باستان شناسی ذکر شود.
پیکر در تابوت و بالای آرامگاه
مهم ترین فرضیه که بر اساس متون تاریخی است می‌گوید که پیکر کوروش در بخش بالای آرامگاه و در تابوتی قرار داشته است. لوازمی از کوروش هم در کنار تابوت او گذاشته بودند که پس از حمله اسکندر توسط اشخاصی ناشناس به تاراج رفته است. در این شیوه، عدم تماس پیکر با خاک را مشاهده می‌کنیم که یادآور همان باورهای زرتشتیان است.
وجود تابوت در قسمت بالای آرامگاه کوروش، در منابع مرتبط با اسکندر نقل شده است. اریستوبولوس، یکی از همراهان اسکندر درباره آرامگاه کوروش مواردی را نقل کرده و توسط آریان در کتاب آناباسیس ثبت شده است. در این منبع اشاره می‌شود که بخش‌های پایینی آرامگاه را سنگ‌هایی به شکل مربع تشکیل می‌دادند و در بالای آرامگاه محفظه ای قرار داشته است. در داخل آن محفظه، تابوتی طلایی بوده است که پیکر کوروش در آن قرار داشته است و یک نیمکت با پایه‌هایی طلایی در کنار تابوت گذاشته بودند. موارد دیگر مانند یک شنل آستین‌دار، لباس‌های گوناگون و همچنین یک میز در محفظه وجود داشتند. نکته ای که جالب است وجود یک محل برای روحانیان در فضای آرامگاه کوروش بوده است که از آرامگاه نگهداری می‌کردند (Arrian, 29.1-11).
فاصله پیکر کوروش با خاک کاملا یادآور سنت‌های مزدایی و زرتشتی است و به نظر می‌رسد کوروش با توجه به تشریفاتی نزدیک به تشریفات مغان در آرامگاهش قرار گرفته است و از این روی آرامگاه کوروش بزرگ یادآور باورهای زرتشتی می‌باشد.
پیکر در بدنه یا سقف آرامگاه
نظرات دیگر می‌گویند که پیکر در بدنه یا سقف آرامگاه قرار گرفته است که باز هم یادآور سنت عدم تماس پیکر با خاک می‌باشد. همانگونه که از شکل آرامگاه آشکار است، آرامگاه به وسیله پلکانی سنگی از سطح زمین جدا شده است. ولی فرضیات دیگر می گویند احتمالا در سقف آرامگاه پیکر همسر کوروش بزرگ جای داشته است. در واقع پیش از مرگ کوروش بزرگ آرامگاهش را ساخته بودند و ابتدا در سقف بنا پیکر همسر کوروش را جای دادند و سپس تابوت خود کوروش را در اتاق بالای آن گذاشتند.
دفن پیکر در خاک
یافته های فراوانی وجود دارد که ایرانیان در عصر هخامنشی مردگان خود را دفن می‌کرده اند. دفن مردگان برخی را واداشته است که آیین هخامنشیان را خلاف آیین زرتشتی بدانند! اما اشاره‌های زیادی در سنگ نبشته‌های هخامنشی و همچنین منابع یونانی نشان می‌دهد که آیین زرتشت جایگاه قابل توجهی داشته و پادشاهان گرایش آشکاری به آن داشته‌اند.
پیش از این اشاره شد که رسم دخمه در میان یکی از قبایل مادها (مغان) بوده است و بعدها (شاید پس از چند قرن) به دنبال فراگیر کردن آن بودند. البته هیچ بعید نیست کوروش که مادرش یک مادی بوده است، با توجه به این رسم در آرامگاهش قرار گرفته باشد که در گفته مورخان یونانی همزمان اسکندر که از آرامگاه کوروش دیدن کرده‌اند، چنین تشریفاتی به نظر می‌آید.
با این حال از زمان هخامنشیان گورهای زیادی از سراسر کشور به دست آمده که همه گواه دفن مردگان است. در بخش‌های زیادی از شاهنشاهی ایران معمول بود که مردگان را کف خانه دفن کنند. این رسم در بین النهرین، در سوریه و در فلسطین هم جاری بود. کف گلین این خانه‌ها را، در حاشیه دیوارها می‌کندند و مرده را در آن قرار می‌دادند. در خانه‌های اشرافی تر و محکم تر به جای کف حیاط، کف اتاق را می‌شکافتند. شیوه ساده تدفین پیچیدن مرده در کفن و خاک کردن آن ها بود. نوع تجملی تر این بود که مرده را در گلی ذخیره آذوقه جای می‌دادند و سپس در گودالی می‌گذاردند. ظاهراً برای این کار از کندوهای لب پریده و گاهی هم شکسته هم استفاده می‌شده است. برای کودکان خردسال از تشت و لگن و خمره های گلی استفاده می‌شد (گیرشمن، ۱۳۸۸: صص ۱۶۵-۱۶۷).
مشهور ترین دفن مرده‌های هخامنشی مرتبط با شاهنشاهان است و جالب آنکه کتیبه‌هایی از آنها به جا مانده که خود را پرستشگر اهورامزدا معرفی می‌کنند. هنگامی که این کتیبه‌ها را با منابع یونانی بسنجیم – که در منابع یونانی نام زرتشت به صورت آشکار آمده است – به نظر می‌آید که پادشاهان هخامنشی زرتشتی بوده اند. البته باید توجه داشت که دفن شاهنشاهان هخامنشی از پس از داریوش بزرگ شرایط خاصی داشته است به طوری که در کوه‌های سنگی آرام می‌گرفتند. شاید انتخاب سنگ به منظور همان نیالودن خاک بوده است.
از سوی دیگر هرودوت می‌نویسد پارسیان پیش از به خاک سپردن، پیکر را با موم می‌پوشانند (هرودوت، کتاب ۱، بند ۱۶۷). دقیقا جنس این موم چه چیزی بوده است بر ما پوشیده است اما اگر گفته هرودوت را بپذیریم آیا این کار نمی‌توانسته است به منظور عدم آلودن خاک باشد؟!
منابعی مانند کوروپدیای گزنفون هم اشاره می کنند که کوروش وصیت کرده است در خاک آرام گیرد (کوروپدیا گزنفون، دفتر ٨، بخش ٧، بند ٢۵).
اگر این فرضیه را بپذیریم، به نظر می رسد اتاق بالای بنای آرامگاه صرفا برای گذاشتن یادبودهای کوروش بزرگ بوده است و کوروش در خاک دفن شده و آرامگاه هم پس از مرگ او توسط جانشینانش ساخته شده است.
